হিন্দু ধর্মের বিভিন্ন পূজা পদ্ধতিতে চন্দন বিশেষভাবে ব্যবহৃত হয়। পূজার জন্য অনেক ধরনের চন্দন ব্যবহার করা হয়, যেমন লাল চন্দন , হলুদ চন্দন , সাদা চন্দন , হরি চন্দন, গোপী চন্দন ইত্যাদি। সনাতন প্রথায় চন্দন ছাড়া ভগবান বিষ্ণুসাধনাকে অসম্পূর্ণ মনে করা হয়। চন্দনের মালা শ্রী হরি বিষ্ণুর প্রতি তিলক লাগানো থেকে শুরু করে তাঁর মন্ত্র উচ্চারণ করতে ব্যবহৃত হয়।