বস্তুত, পরবর্তী সময়ে জওহরলাল নেহরুর বিরুদ্ধে নেতাজি অন্তর্ধান নিয়ে বহু অভিযোগই উঠেছে। বিশেষ করে তাঁকে ইতিহাসের নিন্দিত নায়ক করে দিতে পারত দুটি মারাত্মক অভিযোগ। কী কী? অনেকেরই দাবি, সোভিয়েতদের কাছ নেহেরু সুভাষ বসুর জীবিত থাকার এবং সুস্থ থাকার খবর পেয়েছিলেন। সুভাষচন্দ্র বসুকে নিয়ে কী করা হবে, এই প্রশ্নও তাঁকে করেছিল সোভিয়েত। কেউ কেউ বলেন, নেহেরু বলেছিলেন নেতাজি-কে কারাবন্দী করে রাখতে। দ্বিতীয় মত হল, হেফাজতে রাখা নয়, নেতাজিকে একেবারে খতম করার পরামর্শই সোভিয়েতকে দিয়েছিলেন নেহেরু। বিজেপি সাংসদ সুব্রমণিয়ন স্বামী এই মতের তীব্র সমর্থক। আর এই ধরমের অভিযোগকে খণ্ডন করার জন্য়ই নেতাজি সংক্রান্ত বিশেষ করে তাঁর অন্তর্ধআন রহস্য সংক্রান্ত বেশ কিছু চাঞ্চল্যকর নথিগুলি যত্ন করে সরিয়ে রেখেছেন নেহরু-গান্ধিরা, এমনটাই দাবি করেছেন রাজেশ তলোয়ার।