জানা গিয়েছে, আইএসআই গোপনে বাংলাদেশে বসবাসকারী রোহিঙ্গা মুসলিমদের সন্ত্রাসবাদী প্রশিক্ষণ দিয়ে ভারতের বিরুদ্ধে হামলা চালানোর জন্য প্রস্তুত করছে। পাকিস্তান জঙ্গি গোষ্ঠীগুলির সঙ্গে এই প্রশিক্ষণপ্রাপ্ত রোহিঙ্গাদের কাজে লাগিয়ে তারা ভারত ও আফগানিস্তানে স্থিতিশীলতা নষ্ট করতে চায়।