বৈশাখীর ইস্তফা নিয়ে জটিলতা রয়েছে। কারণ কারণ ২০১৮ ও ২০২০ সালে বৈশাখী ইস্তফা দেওয়ার সময় শিক্ষামন্ত্রী ছিলেন পার্থ চট্টোপাধ্যায়। কিন্তু ২০২১ সালে শিক্ষামন্ত্রীর দায়িত্ব নিয়ে ব্রাত্য বসু জানিয়ে দেন, ২০২০ সাল নয়, ২০১৯ সালেই বৈশাখী কাজ ছেড়ে চলে গেছেন বলে ধরে নেওয়া হচ্ছে। একই সঙ্গে রামমোহন কলেজে তাঁর বদলি সংক্রান্ত নির্দেশও বাতিল করা হয়েছিল।