তবে শুধু দিল্লির দাঙ্গা সংঘটিত করাই নয়, ইসলামি সন্ত্রাসবাদী গোষ্ঠীর সঙ্গেও পিএফআই-এর যোগায়োগ রয়েছে বলে অভিযোগ। এনফোর্সমেন্ট ডাইরেক্টরেটের পক্ষ থেকে এই সংগঠনের বিরুদ্ধে অর্থ পাচারের মামলাও করা হয়েছে। দেশজুড়ে সিএএ-এনআরসি বিরোধী বিক্ষোভের পিছনেও এই সংগঠনের উসকানি কাজ করেছিল, বলা হয়েছে গোয়েন্দা রিপোর্টে।