আলুতে গ্লাইকোয়ালকালয়েড নামক একটি রাসায়নিক পাওয়া যায়। এটি কম পরিমাণে থাকলে মানুষের কোনো ক্ষতি হয় না। তবে অঙ্কুরিত আলুতে এর পরিমাণ বেশি থাকে, তাই এ ধরনের আলু খাওয়া বিপজ্জনক। অঙ্কুরিত আলু খেলে বমি বমি ভাব, পেট খারাপ, পেট ব্যথা, মাথা ঘোরা, বমি বমি ভাব হতে পারে।
কিছু ক্ষেত্রে জন্মগত ত্রুটি হতে পারে। এছাড়াও গর্ভবতী মহিলাদের অঙ্কুরিত আলু খাওয়া উচিত নয়। অঙ্কুরিত আলু ছাড়াও সবুজ আলু খাওয়া এড়িয়ে চলা উচিত।